چشمه‌هاي اين شهرستان اغلب در دره‌هاي مناطق كوهستاني از جنس‌ طبقات ماسه سنگ بوجود آمده‌اند و در سال آبي 1379 ـ 1378 تعداد 20 چشمه با تخليه سالانه 322/4 ميليون مترمكعب كه داراي مالكيت خصوصي هستند مورد بهره‌برداري قرارگرفته است. از چشمه‌هاي مهم عبارتنداز: چشمه معدني بوكان در 5 كيلومتري جنوب‌شرقي بوكان و چشمه سه كانيان، چشمه سوتاو، چشمه جوانمرد و كاني سنجد.